時は2015年。15年前の2000年9月13日に起こった大災害・セカンドインパクトで総人口の半数近くを失った人類は、使徒と呼ばれる新たな脅威にさらされていた。
国連直属の非公開組織である特務機関NERV(ネルフ)は、汎用人型決戦兵器 人造人間エヴァンゲリオン (EVA) を極秘に開発し、予測されていた使徒の襲来に備えていた。そのパイロットに選ばれたのは、わずか14歳の少年少女たちだった。
主人公である「碇シンジ」は、他人との接触を好まない内向的な少年だが、ネルフの総司令である父親ゲンドウによって、EVA初号機のパイロットに突如選任される。こうしてシンジらEVAのパイロットたちは、世界の命運を託され、命をかけて戦う過酷な状況に追い込まれる。
セカンドインパクトの真相や襲来する使徒の正体、そして秘密裏に進められる「人類補完計画」など数多くの謎と共に、主人公シンジの成長と挫折を織り交ぜながら物語は進んでいく。
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